Wenn Kosten, welche eigentlich die Fluggesellschaften stemmen müssten vom Steuerzahler übernommen werden, sind das doch Subventionen.

Ja, das ist so.

Aber Wettbewerbsrechtlich dürfte dies kein Problem sein, da diese Subvention diskriminierungsfrei ist:
Jeder "Kunde" der DFS profitiert davon - egal ob LH startend ab FRA, AB nach TXL fliegend oder AF im Überflug.